Desafío: seguir automáticamente las células en 2D y 3D

Carlos Ortiz de Solórzano, Arrate Muñoz, Ainhoa Urbiola, Cristina Ederra y
Miguel Galarraga, de la Plataforma de Imagen del CIMA de la Universidad
de Navarra (Manuel Castells)

Investigadores del CIMA de la Universidad de Navarra organizan un challenge internacional de detección y seguimiento automático de células en vídeos de microscopía, muy útil en distintas aplicaciones biomédicas, como en el estudio de la metástasis o el cierre de heridas. 

Científicos del Centro de Investigación Médica Aplicada (CIMA) de la Universidad de Navarra han presentado los resultados del primer challenge, o competición internacional entre grupos de investigación, sobre detección y seguimiento celular en vídeos de microscopía bi y tridimensional.

El trabajo, publicado en el último número de la revista Bioinformatics, además de presentar los resultados de la competición, pone a disposición de la comunidad internacional métodos objetivos de evaluación de nuevos medios de detección y seguimiento de células, así como un repositorio poblado con vídeos anotados de muy diversa procedencia.

El artículo detalla los resultados preliminares del challenge, que fueron presentados en el 2013 IEEE International Symposium on Biomedical Engineering, en San Francisco, California.

El seguimiento automático de células en secuencias de microscopía de fluorescencia es muy útil en distintas aplicaciones biomédicas, como en el estudio de la metástasis o el cierre de heridas, entre otros. Hasta ahora, cada grupo de investigación trabajaba con sus propios métodos de análisis y conjuntos de datos, sin contrastar con otros equipos, lo que resta objetividad a los resultados. El trabajo desarrollado en el CIMA plantea un marco homogéneo para evaluar los algoritmos de seguimiento celular.

“La principal aportación de nuestro trabajo es la creación de un repositorio completo de datos de vídeo anotados, obtenido de grupos de Europa y Estados Unidos. Con la información obtenida hemos definido unas medidas objetivas para clasificar seis algoritmos de otros tantos grupos que han participado en el challenge, en función de su rendimiento en células sintéticas y reales”, explica el Dr. Carlos Ortiz de Solórzano, director de la Plataforma de Imagen del CIMA y del challenge, coorganizado con grupos de la República Checa y Holanda y en el que han participado otros centros de España, Alemania, Suecia y Estados Unidos.

Actualmente está en marcha la segunda edición del challenge, con nuevos datos que proponen problemas más complejos de analizar. Los resultados preliminares se han presentado recientemente en el 2014 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, celebrado en Pekín (China).